樹人書院書院發端於唐朝，是官學以外的另一種教育系統，其目的在補儒學之不足。
台灣最早的書院是康熙二十二年（西元一六八三年）靖海侯施琅在台南設立的西定坊書院。
而清代台北僅有的書院，其中明志、學海、登瀛、明道書院的創設，都由官方主導，只有樹人書院是完全由民間創辦的教育機構，顯得彌足珍貴。
道光三十年（西元一八五○年）大龍峒人在保安宮內供奉文昌帝君一尊。未幾，成立「神明會」、「文昌會」，在陳維英的主導下，於咸豐三年（西元一八五三年）成立「樹人書院」於保安宮內，從此以後，春絃夏誦，蔚為文風。
在平日，除學術教育之外，每年舉行祭典之時，並頒發公學校教學獎助學金，極具勵學之意。
嗣後，鄉人以為堂堂書院豈可附設廟宇之一隅，於是另行覓地籌建「樹人書院文昌祠」於隆同街尾之土礱間埕（今台北市迪化街二段三六四巷十四號），民國十七年動工，四年後落成。